ALPHABET= ACGT 
probability matrix: alength= 4 
0.250	0.250	0.167	0.333
0.333	0.083	0.333	0.250
0.167	0.167	0.500	0.167
0.167	0.583	0.083	0.167
0.583	0.083	0.250	0.083
0.083	0.167	0.083	0.667
0.083	0.083	0.750	0.083
0.083	0.167	0.083	0.667
0.750	0.083	0.083	0.083
0.500	0.250	0.083	0.167
0.083	0.083	0.083	0.750
0.083	0.083	0.083	0.750
0.750	0.083	0.083	0.083
0.167	0.667	0.083	0.083
0.083	0.750	0.083	0.083
0.083	0.250	0.417	0.250
0.417	0.167	0.167	0.250
0.667	0.083	0.083	0.167
0.333	0.083	0.083	0.500
0.417	0.250	0.083	0.250
0.417	0.167	0.333	0.083
0.083	0.083	0.750	0.083
0.083	0.083	0.750	0.083
0.750	0.083	0.083	0.083
0.750	0.083	0.083	0.083
0.750	0.083	0.083	0.083
0.083	0.167	0.083	0.667
0.083	0.083	0.083	0.750
0.667	0.083	0.083	0.167
0.083	0.750	0.083	0.083
0.750	0.083	0.083	0.083
0.167	0.167	0.083	0.583
0.083	0.083	0.667	0.167
0.167	0.167	0.333	0.333
0.167	0.250	0.083	0.500
0.417	0.083	0.250	0.250