ALPHABET= ACGT 
probability matrix: alength= 4 
0.400	0.100	0.100	0.400
0.100	0.300	0.100	0.500
0.300	0.500	0.100	0.100
0.700	0.100	0.100	0.100
0.100	0.100	0.100	0.700
0.100	0.100	0.100	0.700
0.100	0.100	0.700	0.100
0.100	0.100	0.100	0.700
0.100	0.600	0.100	0.200
0.300	0.200	0.400	0.100
0.400	0.200	0.200	0.200
0.300	0.100	0.200	0.400
0.100	0.100	0.100	0.700
0.200	0.600	0.100	0.100
0.100	0.700	0.100	0.100
0.400	0.300	0.100	0.200
0.600	0.100	0.100	0.200
0.700	0.100	0.100	0.100
0.400	0.100	0.100	0.400
0.400	0.200	0.100	0.300
0.200	0.300	0.200	0.300
0.200	0.100	0.600	0.100
0.100	0.100	0.700	0.100
0.500	0.200	0.100	0.200
0.700	0.100	0.100	0.100
0.700	0.100	0.100	0.100
0.200	0.100	0.100	0.600
0.200	0.300	0.100	0.400
0.400	0.200	0.200	0.200
0.100	0.100	0.100	0.700
0.100	0.400	0.300	0.200
0.500	0.200	0.100	0.200
0.400	0.100	0.100	0.400
0.100	0.200	0.300	0.400
0.300	0.300	0.200	0.200
0.400	0.100	0.100	0.400